L'attaque des clones : aligneur interactif Javascript pour le décodage des globules blancs


Contexte: Globules blancs, recombinaisons VDJ

Les globules blancs jouent un rôle clé dans l'immunité. Les lymphocytes B et T sont adaptées aux différentes infections, produisant des anticorps et des récepteurs spécifiques à tel ou tel virus ou bactérie. Pour cela, une partie de la séquence d'ADN des globules blancs est transformé par la recombinaison VDJ, recombinaison donnant des milliards de possibilités différentes à partir d'un répertoire de quelques gènes.

Aujourd'hui, grâce aux progrès colossaux réalisés dans le domaine du séquençage de l'ADN via les séquenceurs à haut débit, on peut déterminer la séquence ADN d'un grand nombre de globules blancs et avoir le panel de leurs recombinaisons VDJ. Connaître les réarrangements VDJ des globules blancs, c'est connaître avec précion la réponse immunitaire. C'est aussi un outil primordial pour le suivi des leucémies, où l'on évalue la concentration des lymphoblastes possédant le même réarrangement VDJ que celui du diagnostic.


Problématique

Le logiciel libre Vidjil, réalisé par l'équipe de bioinformatique Bonsai (CRIStAL et Inria Lille) en collaboration avec l'hôpital de Lille a pour but de compter les globules blancs en les regroupant en clones suivant leurs séquence d'ADN et leur réarrangement VDJ. Il est destiné aux laboratoires effectuant du suivi de leucémie ou des recherches en immunologie. Vidjil contient un algorithme en C++ et une interface HTML5/Javascript couplée à un serveur web2py. Le serveur public a ouvert fin 2014, et Vidjil a aujourd'hui plus de 40 laboratoires utilisateurs en France et dans le monde. Depuis janvier 2015, les prélèvements de tous les patients suivis à Lille pour une leucémie aigüe sont analysés avec l'aide de Vidjil.


Travail à réaliser

Le projet consiste à concevoir des outils de visualisation et de manipulation de séquences d'ADN pour l'interface de Vidjil. L'outil existant permet uniquement de comparer des séquences entre elles. Le but est de développer:

Concrètement, cette extension demandera l'extraction et l'utilisation de données issues d'autres sites (CGI, AJAX). Le projet pourra éventuellement avoir une part de conception et de programmation d'une interaction entre le logiciel d'analyse Vidjil (C++, serveur) et son interface (HTML5/Javascript, client).

Compétences et qualité du code

Compétences souhaitées: git, javascript, AJAX, goût pour les interfaces utilisateurs
Le code sera écrit avec grand soin, documenté et testé. En cas de succès du projet, les développements effectués seront validés par les équipes hospitalières avec lesquelles nous travaillons et déployés pour tous nos utilisateurs.