Utilisabilité de l'application web Vidjil en milieu hospitalier

Ce projet de développement web (Javascript orienté objet, AJAX, HTML5/CSS) consiste à améliorer l'utilisabilité de Vidjil, application web développée dans l'équipe Bonsai et utilisée par plusieurs dizaines de laboratoires d'hématologie et d'immunologie dans le monde. D'une part il faudra mettre en place une interface séparée reprenant des composants déjà développés et d'autre part il faudra permettre à l'utilisateur d'ajouter des « séquences d'intérêt » dans l'application principale.


Contexte: Globules blancs, recombinaisons VDJ

Les globules blancs jouent un rôle clé dans l'immunité. Les lymphocytes B et T sont adaptées aux différentes infections, produisant des anticorps et des récepteurs spécifiques à tel ou tel virus ou bactérie. Pour cela, une partie de la séquence d'ADN des globules blancs est transformé par la recombinaison VDJ, recombinaison donnant des milliards de possibilités différentes à partir d'un répertoire de quelques gènes.

Aujourd'hui, grâce aux progrès colossaux réalisés dans le domaine du séquençage de l'ADN via les séquenceurs à haut débit, on peut déterminer la séquence ADN d'un grand nombre de globules blancs et avoir le panel de leurs recombinaisons VDJ. Connaître les réarrangements VDJ des globules blancs, c'est connaître avec précion la réponse immunitaire. C'est aussi un outil primordial pour le suivi des leucémies, où l'on évalue la concentration des lymphoblastes possédant le même réarrangement VDJ que celui du diagnostic.


Problématique

Le logiciel libre Vidjil, réalisé par l'équipe de bioinformatique Bonsai (CRIStAL et Inria Lille) en collaboration avec l'hôpital de Lille a pour but de compter les globules blancs en les regroupant en clones suivant leurs séquence d'ADN et leur réarrangement VDJ. Il est destiné aux laboratoires effectuant du suivi de leucémie ou des recherches en immunologie. Vidjil contient un algorithme en C++ et une application web HTML5/Javascript couplée à un serveur web2py. Le serveur public a ouvert fin 2014, et Vidjil a aujourd'hui plus de 40 laboratoires utilisateurs en France et dans le monde. Depuis janvier 2015, les prélèvements de tous les patients suivis à Lille pour une leucémie aigüe sont analysés avec l'aide de Vidjil.


Travail à réaliser

En milieu hospitalier, les médecins et biologistes veulent parfois avoir une analyse rapide sur une séquence d'ADN particulière. Il s'agira de développer une interface web Javascript/AJAX permettant cela et reprenant des composants déjà développés pour l'application Vidjil principale, afin de laisser l'utilisateur en terrain connu. D'autre part, lorsque les médecins analysent des échantillons complets, ils s'attendent souvent à trouver une séquence qu'ils ont déjà identifiées auparavant. Il faudra modifier l'application afin de permettre l'ajout d'une telle séquence d'intérêt, de la visualiser et de pouvoir la comparer au reste des séquences.

Qualité du code

Le code sera écrit avec grand soin, documenté et testé. En cas de succès du projet, les développements effectués seront validés par les équipes hospitalières avec lesquelles nous travaillons et déployés pour tous nos utilisateurs.